当转子高速旋转时，空气摩擦生热，转子温度会上升，试管中的样品温度也会升高。由于生物学样品对温度敏感。一般要求离心实验中温度保持4℃。蝶式离心机价格没有电脑控制的智能化技术，是不可能做到±1℃的精度。优质蝶式离心机因此，用制冷机对离心腔冷却，而达到冷却转子、冷却样品温度的目的。但测量旋转中的转子的实际温度极为困难，国内外都采用在离心腔底部离转子较近处理设温度传感器，间接测量转子温度。这里T样品=T腔+T补偿。T补偿又与转子的类别、转速及运行时间有关。

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